主人公久远寺睦是巡回马戏团的一员，某日他们来到了天空中有鲸鱼游弋的城市，而他在鲸鱼之丘上遇见了神秘的鲸鱼少女的故事，随着美少女们一个个登场主角久远寺睦也开始忙碌起来。但这个城市背后到底有着什么故事呢？

新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。　　人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰…

在一次偶然中，拥有着对猫过敏的体质的普通少年高坂润平（浅沼晋太郎 配音）无意得罪了供奉在路边的猫地藏，从此，润平将彻底告别“平凡”二字。猫地藏显灵了，作为惩罚，润平必须实现一百只猫咪的愿望，否则，他本人将变成他最讨厌的猫…

故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）…