怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托…

铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑…

有一天SSP成员收到了寄来的神秘道具。那是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。落入敌人的陷阱而解除与Xio队员大空大地一体化的艾克斯奥特曼，SSP，流浪之旅行归来的凯，还有行踪不明的大地！地球新危机的前兆降临！寻找宇宙中拥有邪恶之心…